学院拥有水土保持与荒漠化防治博士后流动站、1个二级学科博士点（水土保持与荒漠化防治）、1个一级学科硕士点（生态学）和5个二级学科硕士点（水土保持与荒漠化防治、环境生态、土壤生态、森林生态和恢复生态）及林业专硕水土保持与荒漠化防治方向点1个。其中，生态学为国家林业局重点学科、云南省“十二五”优势特色重点学科、云南省高原A类学科。
生态学
西南林业大学生态学学科历史悠久，发端于1939年云南大学的森林系，是西南林业大学传统优势学科之一。1996年开始招收硕士研究生，2006年成为校级重点学科，2011年获批为云南省“十二五”优势特色重点建设学科，2016年成为国家林业局重点学科和云南省一流学科建设的A类高原学科。2017年依托生态学学科建设有恢复生态学、环境生态学、森林生态学、土壤生态学四个二级学科，并于2018年开始单独招生。本学科以服务云南生态文明排头兵建设为目标，以保障西南生态安全屏障为使命，以维护跨境生态平衡为特色，系统开展植物生态、恢复生态、土壤生态、水土保育生态和湿地生态5个方向的科学研究和人才培养工作。生态学学科师资力量雄厚，拥有教授10人，副教授37人，研究生导师50余人。拥有省级和校级科技创新团队5个、国家级科学平台1个、省级教学科研平台2个。现有教学科研实验室2915平方米，拥有4000余万元教学科研大型仪器设备，在元谋、东川、晋宁、澄江、嵩明和石林等地建立了教学实习及野外科研观测基地。生态学研究生可担任农业、环保、林业和国土资源等部门的行政管理工作、高等院校的教学和科研工作、科研单位及生产部门的科技工作，各级技术推广单位的技术管理和推广工作，各层次的生态农业、生态工程的设计和建设工作。
水土保持与荒漠化防治
西南林业大学水土保持与荒漠化防治学科依托我校林学学科，始建于1998年。历经近十余年的发展，水土保持与荒漠化防治专业现已形成了涵盖普通本科、硕士研究生、博士研究生教育的综合教育教学体系和以水土保持研究所为依托的科学研究、科技服务体系。本学科共有专业技术人员21人，其中教授5人，副教授11人，讲师4人，高级实验师1人，是一支学术梯队完善、学缘结构合理的教学科研团队。水土保持与荒漠化防治学科近5年完成了包括国家自然科学基金、云南省科技计划重点项目、云南省科技攻关项目、国际合作项目在内的20余项科研项目，取得一批以干热河谷区域集水系统结构与模式研究为代表的科研成果。水土保持与荒漠化防治学科拥有云南省教育厅高校土壤侵蚀与控制重点实验室，设有土壤学实验室、土壤侵蚀实验室、室内人工降雨模拟实验室、生态学实验室、气象学实验室、水土保持规划实验室，现有仪器设备总价值800余万元。本学科有国家林业局玉溪森林生态系统定位研究站、元谋干热河谷水土保持实验基地、玉溪尖山河土壤侵蚀监测站、昆明松华坝水源保护区土壤侵蚀观测站、玉溪红塔区土壤侵蚀观测站等多个野外试验基地和观测站。目前，水土保持与荒漠化防治学科为教育部一类特色专业和云南省重点建设专业，拥有云南省高等院校教学团队，云南省高等院校水土保持实验教学示范中心。水土保持与荒漠化防治是农学门类林学一级学科下的二级学科，下设土壤侵蚀、生态修复、水土流失防治、面源污染控制和石漠化治理5个研究方向。水土保持与荒漠化防治研究生能在水利、林业、环境保护、国土资源、农业等部门从事与水土保持与荒漠化防治、生态环境建设相关的科研、教学、规划设计、施工管理及预防监测等方面的工作。
自然地理学
研究地球表层自然景观及其组成要素的特性、形成过程、动态变化和空间变异。主要研究内容包括地表自然格局与过程、自然要素和人为活动之间的交互作用、物质迁移与能量转换等。研究目的是认识自然规律，为合理利用自然资源、保护环境、防灾减灾、风险防范与适应，实现人和自然和谐相处提供科学依据。在国家实施“一带一路”倡议和云南省建设“民族团结进步示范区、生态文明建设排头兵、面向南亚东南亚辐射中心” 的背景下，坐落于中国西南边陲的西南林业大学，组建了中国农林院校中第一个地理学院，具有战略意义。
西南林业大学自然地理学硕士点从2012年开始招生，立足于目前有生物地理、景观规划与生态恢复、地貌与第四纪地质、水文与水资源、山地灾害与空间信息技术、全球变化与地理响应6个学科方向，师资队伍雄厚，其中教授5人，副教授6人，讲师11人，拥有博士学位者13人，硕士13人（在读博士生2人），具备了建设高水平地理学院的基础。教研实验中心建有地球演化实验室、地表过程实验室、地貌实验室、多媒体教室、图书资料室等。各类仪器设备500台/件，价值400余万元。中外藏书3000余册。
人文地理学
人文地理学是研究人类活动或各种人文现象的空间差异与组织结构以及人类与地理环境互动过程的学科。人文地理学以研究人地关系地域系统为核心，具有社会性、区域性和综合性的学科特性，是一门基础研究与应用研究兼有的学科专业，在促进人口、社会、经济、资源的协调发展及可持续发展中具有重要作用。
主要研究方向：遗产综合利用与保护、民族文化地理、健康与旅游地理、城市地理与空间规划、区域地缘环境、环境变迁与历史地理，其中遗产综合利用与保护、民族文化地理学、健康、区域地缘环境为特色研究方向。
师资方面：西南林业大学人文地理学硕士点从2012年开始招生，师资队伍雄厚，其中教授5人，副教授7人，讲师6人，14人具有博士学位，4人具有硕士学位。
生态旅游
生态旅游学是以研究生态——旅游系统为对象，以吸收自然和文化知识为取向，尽量减少对生态环境的不利影响，确保旅游资源的可持续利用，将生态环境保护与公众教育同促进地方经济社会 发展有机结合的旅游活动，着重诠释何种旅游形式能更好地保护生态系统及生态环境的学科。
生态旅游学科是地理学的一个重要的二级学科，始建于 1993 年创办的森林旅游专业，2011 年按教育部学科体系调整为生态旅游学科，2013 年获得生态旅游二级学科硕士授权，2014 年获得首批生态旅游硕士专业学位授权。本学科主要研究方向有社区生态旅游、户外运动旅游和森林旅游。 现有老师 14 名，其中教授 1 名（博导 1 名）、客座教授 6 名（博导 5 名）、副教授 4 名，讲师7 名。有云南省户外运动旅游研究基地、云南省生态旅游本土化与创新研究团队、云南省保护地生态文明建设工程技术研究中心、旅游发展与文化保护研究中心等省校院级团队和平台为支撑。在生 态旅游可持续发展、保护地生态旅游规划、自然教育、健康旅游、旅游环境监测与评估、民族社区 生态旅游等研究领域积累了丰富的经验并形成特色。
研究生毕业后能够在各级旅游行政管理部门、旅游企事业单位以及相关大中专院校、培训机构 和科研院所从事生态旅游规划与策划、生态旅游管理、户外运动旅游等教学和科研工作。